Le séminaire s’est déroulé du 29 novembre au 6 décembre 2021 dans le cadre d’un cycle d’écoles de terrain en écologie tropicale au Cameroun.
Par Uypeg Sammous, avec IRD
Un atelier de formation en génomique environnementale dans le cadre d’un cycle d’écoles de terrain en écologie tropicale au Cameroun s’est déroulé du 29 Novembre au 6 décembre 2021 dans les locaux de la Faculté des Sciences et de l’Institut Universitaire et Technologique (IUT) de l’Université de Douala. Cette formation était co-organisé par l’Université de Douala, l’université Paris-Saclay, le laboratoire « Evolution, Génomes, Comportement et Ecologie » (EGCE/CNRS), avec l’appui de l’Institut de recherche pour le développement (IRD).
Douze étudiants sélectionnés, zoologistes, biochimistes et botanistes, ont pu apprendre la théorie et la pratique des méthodes allant du traitement des échantillons biologiques pour une analyse génomique au sens large à l’extraction de l’ADN et à sa caractérisation par des méthodes d’amplification spécifique (PCR) et par séquençage grâce aux derniers séquenceurs portables (MinION, Oxford Nanopore Technologies). Les enseignements étaient donnés par le Dr. Nicolas Pollet (EGCE/CNRS) et le Pr. Alain-Didier Missoup (Université de Douala).
Les expériences réalisées dans une démarche de science ouverte ont eu pour objectif l’étude de la biodiversité des amphibiens, des chauves-souris, des cochenilles, d’exo-parasites et d’hyménoptères parasitoïdes. Les étudiants, de niveaux master et thèse, ont ainsi pu valoriser leurs travaux de terrain en développant cette recherche en génomique et écologie.
Le succès de cet atelier de formation a reposé sur la mobilisation de nombreux acteurs de l’Université de Douala, puisque le laboratoire de Zoologie de la Faculté des Sciences a hébergé les cours théoriques tandis que la partie pratique s’est déroulée dans les locaux de l’IUT. Ce cycle de formation intitulé Genbarque est appelé à se renouveler dès l’an prochain pour accueillir d’autres étudiants sur d’autres thématiques.
Projet GENBARQUE : innovation technologique pour comprendre la biodiversité
Tous les êtres vivants sont faits « d’un étrange mélange d’ADN et de souvenirs, de rêves et de protéines, de cellules et de mots », a écrit François Jacob, Prix Nobel en 1965). Cet ADN qui caractérise le vivant est représenté par les scientifiques sous forme d’une combinaison des lettres A, T, C et G. Chez l’homme, notre ADN est un arrangement de trois milliards de ces lettres, une imposante collection ! La discipline qui permet de lire ou de décoder l’ADN s’appelle la génomique. Par extension, la génomique environnementale est la discipline ayant pour objet la lecture de l’ADN des différents organismes vivants : animaux, végétaux et microorganismes qui nous entourent. C’est aujourd’hui un élément incontournable de la panoplie du biologiste, du naturaliste et de l’écologue.
Les dernières avancées technologiques rendent possible le déploiement d’équipements de laboratoire miniaturisés permettant de décoder l’ADN à très grande vitesse et d’identifier ainsi tous les organismes vivants pour l’étude de la biodiversité à différentes échelles. Il est donc crucial de former les étudiants Camerounais pour qu’ils développent une expertise dans ce domaine qui sera un élément garantissant l’autonomie nationale vis-à-vis des applications nombreuses de la génomique dans les domaines de l’agronomie et de la santé. En effet, les applications sont nombreuses, que ce soit pour la traçabilité alimentaire, l’identification de facteurs de résistance chez des vecteurs de maladie, l’étude des agents pathogènes ou l’identification de maladies génétiques humaines.